Este tipo de problema tiene dos posibles momentos en los que sucede esto. Uno es a la hora de hacer responder peticiones y otra es a la hora de señales de django que se ejecutan al cargar un modelo.
Para cuando las consultas queda abiertas al hacer peticiones, django trae consigo TransactionMiddleware, al añadir al final 'django.middleware.transaction.TransactionMiddleware' a MIDDLEWARE_CLASSES debería solucionarse de manera definitiva el problema.
En el otro caso me sucedió en un sistema, que estaba ejecutado una consulta en class_prepared.connect. Y dejaba u proceso abierto que evitaba que el resto de las consultas se ejecutara. ¿Solución? Estas dos lineas de código y listo:
from django.db import connection #cierro la ejecución despues de terminar de ejecutar las cosultas connection.close()
